Det äldsta beviset på mänsklig beboelse i regionen som vi idag kallar Costa Rica visar att nomadgrupper av jägare-samlare anlände efter 10 000 f.Kr. De bodde i familjebaserade grupper på 20-30 personer och jagade megafaunadjur som mastodonter och gigantiska bältdjur, som utrotades omkring 8000 f.Kr.
Mycket gamla bevis på stenverktyg har hittats på de arkeologiska platserna Guardiria och Florens i Costa Ricas Turrialba-dal. Båda spjutspetsarna av en typ som vanligtvis förknippas med Clovis-folket i Nordamerika och pilar i sydamerikansk stil har upptäckts här, vilket indikerar att deras region förmodligen har varit en plats påverkad både från norr och söder.
Vi vet inte exakt när människor i Costa Rica började bruka jorden för att odla mat, men vi vet att bosatta (icke-nomadiska) jordbrukssamhällen fanns här under det andra årtusendet f.Kr.
Perioden mellan 300 f.Kr. och 300 e.Kr. var en tid då det pågick en enorm förändring i Costa Rica, eftersom många samhällen flyttade från en stamexistens där varje grupp var mer eller mindre självförsörjande till mer komplexa och hierarkiska levnadsförhållanden. Det är då vi ser caciques (ledare) framträda och handel mellan grupper blir mer utbredd. Vissa individer slutar arbeta direkt med insamlingen av mat och blir istället specialister, t.ex. hantverkare. Från 9-talet e.Kr. kan vi se att vissa byar växte sig stora.
Under för-columbianska tider bodde folket, i det som nu är Costa Rica, mellan två stora kulturregioner: den mesoameriaksnka i norra och Andes i söder. När spanjorerna först anlände på 1500-talet var Nicoyahalvön den sydligaste udden som hade Nahuatls kulturella inflytande. De regioner som idag utgör den centrala och södra delen av Costa Rica påverkades av Muisca.
Den befolkningen i den förcolumbianska Costa Rica som vi vet mest om är Diquis-kulturen. Denna kultur, som blomstrade från 700 e.Kr. till 1530 e.Kr., var en del av den större Chiriqui-kulturen som fanns från södra Costa Rica till västra Panama. På Borucaspråket betyder Diquis “stora vatten”. Diquis skapade stensfärer och över tre hundra sådana ”stenbollar” har hittats i Diquis Delta och på Isla del Isla del Caño. År 2014 lades de “Pre-columbian Chiefdom Settlements with Stone Spheres of the Diquis” till på UNESCO: s lista över världsarv.